メダカが突然いなくなったのは、とても不思議ですね。
可能性をいくつか考えてみましょう。

Ａ、水そうから、飛び出した。そして、そのあとネコか虫などに食べられた。

Ｂ、メダカどうしが共食いをした。
大人のメダカが小さなメダカを食べたり、小さなメダカどうしで共食いすることはよくありますが、大人のメダカどうしが共食いすることは、えさがじゅうぶんならまずありません。ただ西洋メダカとして売られているカダヤシ（グッピーの仲間）は、共食いしたり、ふつうのメダカを追いまわして、食べてしまうことがあります。

Ｃ、病気になったり、じゅ命みょうで死んでしまい、底に沈んでしまった。
そのあと、貝などほかの生き物に食べられたり、水中や底にしいてある砂利にいるバクテリアに分解されたりすると骨ものこりません。もし、ヒーターを入れてあり、水温が高ければ数日で分解されて、まったく姿が消えてしまうこともあります。この場合のバクテリア（細菌ともいいます）は、けんび鏡きょうでないと見ることのできない微生物ですが、生き物の死がいやフンを分解して植物の肥料にしてくれるという大切なはたらきをしています。森林の中では、土の中に大量のバクテリアがいて、落ち葉を分解し、腐葉土という植物にとって栄養の多い土をつくりだしています。

もしバクテリアがいなければ、生き物の死がいやフン、落ち葉などがいつまでものこってしまうことになりますね。